Projekt byl zaměřen na studium obranných mechanismů rostlin vůči patogenům. Katedra botaniky zajistila část týkající se:
studia biodiverzity a genetické variability interakcí mezi vyššími rostlinami a fytopatogenními houbami na úrovni společenstev a populací v přírodním a kulturním patosystému za využití fenotypových, patogenních, biochemických a molekulárních markerů u modelových objektů: Lactuca spp. – Bremia lactucae; Cucurbitaceae – Pseudoperonospora cubensis, Erysiphales (Erysiphe orontii, Sphaerotheca fusca); Lycopersicon spp. – Oidium spp.; Pisum spp. – Fusarium spp.
výzkum mechanismů rezistence v planých a kulturních genových zdrojích rostlin na histologické a buněčné úrovni
výzkum dynamiky patologických stavů rostlin na úrovni jedinců, pletiv a buněk, a jejich fyziologické, biochemické a biofyzikální podstaty (ve spolupráci s katedrou biochemie a experimentální fyziky)