Rostliny jsou na svých stanovištích vystaveny působení řady abiotických a biotických faktorů. Podmínky prostředí a působení jiných organismů ovlivňují fyziologické procesy i anatomii rostlin. Narušení metabolismu působením patogenu vede k rozvoji choroby s typickým makroskopickým a mikroskopickým projevem. V přibližně dvou třetinách případů jsou původci onemocnění rostlin houbové organismy s.l., které vytvařejí speciální infekční struktury a jako jediné jsou schopny aktivního průniku do rostlinných pletiv. Vstupní branou pro ostatní mikroorganismy (viroidy, viry, fytoplazmy, bakterie, prvoci) jsou buď přirozené otvory rostlin (stomata, hydatody, lenticely, nektaria), mechanická poškození, nebo jejich přenos zajišťují tzv. vektory (hmyz, hádátka, houby, parazitické rostliny).
Ke změnám ve struktuře buněk a následně i pletiv hostitelské rostliny dochází působením látek vylučovaných patogenem i vlivem látek, jejichž produkci patogeny v rostlině spouštějí. Patologické změny na úrovni pletiv odráží změny na úrovni jednotlivých buněk a jejich klasifikaci shrnuje tabulka. Jednotlivé typy změn se většinou nevyskytují samostatně, ale dochází ke komplexnímu projevu choroby.